I primi dati storici sono riscontrabili intorno al 500 a.C. e fanno riferimento ad insediamenti fissi ed organizzati di popolazioni di origine etrusca ed altre genti più o meno stanziali, successivamente inglobati dopo il 15 a.C. nel dominio di Roma.
Una prima edificazione del Castello sopra i resti di precedenti fortificazioni sembra sia databile intorno alla metà del primo millennio per opera dei Longobardi. Nel 509 d.C. il castello venne parzialmente diroccato e successivamente ricostruito dai Franchi dopo aver sconfitto le armate Longobarde. Dal 1277 al 1378 Malcesine passò sotto i 'Della Scala' che eseguirono lavori di ammodernamento e rinforzo nella fortezza per cui venne poi definita 'Castello Scaligero'.
Dopo il dominio dei Visconti di Milano (1387-1403) Malcesine, con l'esclusione di brevi periodi (gli Imperiali dal 1506 al 1516 ed i Francesi dal 1797 al 1798), fu governata dal 1405 al 1797 dalla 'Serenissima Repubblica di Venezia' che seppe amministrare con saggezza e competenza, istituendo per il controllo del territorio un organismo denominato la 'Gardesana dell'Acqua' che aveva sede a Malcesine nel 'Palazzo dei Capitani'.
Dal 1798 al 1866, anno in cui il Veneto passò al Regno d'Italia, gli Austriaci oltre che riordinare e dare nuovo impulso a molti settori dell'economia ed amministrativa del territorio governato dall'impero Austro-Ungarico, eseguirono consistenti lavori di consolidamento, modifiche ed ampliamento all'interno del Castello, trasformandolo in presidio militare.