Les premières données historiques remontent au 6ème siècle av.J.-C. et se rapportent à des établissements fixes et organisés de populations d'origine étrusque et autres peuples plus ou moins sédentaires, englobés par la suite après 15 av.J.-C. sous la domination de Rome après la défaite des Rhètes par Tibère. Avec la chute de l'empire romain, les Ostrogoths, les Alamans et en 568 les Lombards, suivis ensuite par les Francs et les Hongrois se succédèrent pour dominer de grands territoires de l'Italie du nord en terminant la phase des invasions barbares.
Une première édification primitive de la forteresse exécutée par les Lombards semble remonter vers la moitié du premier millénaire; elle sera détruite (590 après J.-C.) et rebâtie par les Francs; en 806, existe la présence documentée dans le château du roi Pépin, fils de Charlemagne. De l'année 1277 jusqu'en 1387, le territoire passa sous la famille 'Della Scala' qui exécuta des travaux de modernisation et de renforcement de la forteresse qui fut définie 'Château Scaliger'.
Puis il passa aux Visconti de Milan (1387-1403). Par la suite, la République de Venise, à l'exclusion de brèves périodes - les Impériaux de 1506 à 1516 et les Français de 1797 à 1798 - gouverna avec sagesse Malcesine de 1405 à 1797 en établissant pour le contrôle du territoire un organisme autonome dénommé 'Gardesana dell'Acqua' guidé par un Capitaine nommé par Venise, qui demeurait au Palais des Capitaines.
De 1798 jusqu'à 1866, année où la Vénétie passa au Royaume d'Italie, les Autrichiens non seulement réorganisèrent de nombreux secteurs de la vie sociale et administrative des territoires gouvernés par l'empire austro-hongrois, mais ils exécutèrent aussi des travaux de consolidation, de modification et d'élargissement considérables à l'intérieur du Château et le transformèrent en garnison militaire.